Παυσανίου Ἑλλάδος Περιήγησις
2. Κορινθιακά
[3] ἐν Αἰγίνῃ δὲ πρὸς τὸ ὄρος τοῦ Πανελληνίου Διὸς ἰοῦσιν, ἔστιν Ἀφαίας ἱερόν, ἐς ἣν καὶ Πίνδαρος ᾆσμα Αἰγινήταις ἐποίησε. φασὶ δὲ οἱ Κρῆτες– τούτοις γάρ ἐστι τὰ ἐς αὐτὴν ἐπιχώρια–Καρμάνορος τοῦ καθήραντος Ἀπόλλωνα ἐπὶ φόνῳ τῶ Πύθωνος παῖδα Εὔβουλον εἶναι, Διὸς δὲ καὶ Κάρμης τῆς Εὐβούλου Βριτόμαρτιν γενέσθαι: χαίρειν δὲ αὐτὴν δρόμοις τε καὶ θήραις καὶ Ἀρτέμιδι μάλιστα φίλην εἶναι: Μίνω δὲ ἐρασθέντα φεύγουσα ἔρριψεν ἑαυτὴν ἐς δίκτυα ἀφειμένα ἐπ’ ἰχθύων θήρᾳ. ταύτην μὲν θεὸν ἐποίησεν Ἄρτεμις, σέβουσι δὲ οὐ Κρῆτες μόνον ἀλλὰ καὶ Αἰγινῆται, λέγοντες φαίνεσθαί σφισιν ἐν τῇ νήσῳ τὴν Βριτόμαρτιν. ἐπίκλησις δέ οἱ παρά τε Αἰγινήταις ἐστὶν Ἀφαία καὶ Δίκτυννα ἐν Κρήτῃ.
Η θεά Αθηνά στον ιερό ναό της Αφαίας στην Αίγινα.
Ο ναός της Αφαίας ήταν ιδιαίτερα γνωστός από την αρχαιότητα για τα αετώματα, τα οποία κοσμούσαν και τις δύο στενές πλευρές του ναού. Τα γλυπτά των αετωμάτων ήταν πολύχρωμα και ήταν φτιαγμένα από παριανό μάρμαρο, με θεματολογία παρμένη από τον Τρωικό Πόλεμο, στον οποίο συμμετείχαν ντόπιοι πολεμιστές και απόγονοι του βασιλιά του νησιού Αιακού (Αίας ο Τελαμώνιος, Τεύκρος, Αχιλλέας), αλλά και από την πρώτη εκστρατεία εναντίον του Λαομέδοντα της Τροίας με αρχηγό τον Ηρακλή, όπου συμμετείχε ο γιος του Αιακού, Τελαμών. Κεντρική φιγούρα είναι η θεά Αθηνά: στο εσωτερικό του ναού, στο σηκό, φυλασσόταν το χρυσελεφάντινο άγαλμα της θεάς, για την προστασία του οποίου προστέθηκαν κιγκλιδώματα τόσο στον πρόναο όσο και στον οπισθόδομο.
Παλαιότερα είχε σχεδιαστεί και κατασκευαστεί άλλο αέτωμα για την ανατολική πλευρά, το οποίο αργότερα αντικαταστάθηκε. Προκύπτει πως παρίστανε ένα μύθο σχετικά με την αρπαγή της Αφαίας από το Δία. Παρομοίως είχε ξεκινήσει και η κατασκευή του αετώματος για τη δυτική πλευρά με θέμα την Αμαζονομαχία. Το νησί είναι πατρίδα του γένους του Αιακού. Κατά τα τέλη του 6ου αιώνα π.Χ., οι Αιγινήτες απεικονίζουν την καταγωγή τους από τον Αιακό και τα κατορθώματά τους στον Τρωικό Πόλεμο.
Ο ναός που σώζεται σήμερα χρονολογείται γύρω στο 500-490 π.Χ.: είναι ο δεύτερος, καθώς ο πρωιμότερος δωρικός χρονολογείται στο 570-560 π.Χ. και καταστράφηκε από πυρκαγιά γύρω στο 510 π.Χ.
Ο ναός είναι δωρικός περίπτερος, με 12 μονολιθικούς κίονες[5] (εκτός από τρεις που έχουν σπόνδυλους) στις μακρές και 6 στις στενές πλευρές. Στηρίζεται σε κρηπίδα τριών βαθμίδων, έχει πρόδομο και οπισθόδομο με δύο κίονες εν παραστάσι και σηκό που χωρίζεται σε τρία κλίτη που σχηματίζονται με δύο δίτονες κιονοστοιχίες. Η είσοδος βρισκόταν στην ανατολική πλευρά. Η στέγη του ναού είχε κάλυψη από πήλινη κεράμωση κορινθιακού τύπου. Οι διαστάσεις του ναού στο στυλοβάτη είναι 13,77 επί 28,81 μ. και είναι κατασκευασμένος από τοπικό πωρόλιθο.
Ένα ακόμα στοιχείο της αρχιτεκτονικής, γεωμετρίας, τεχνικής και φυσικής του αφορά στις εξωτερικές κολώνες οι οποίες έχουν μία ελαφριά κλίση προς τα μέσα και στις κολώνες που βρίσκονται στις γωνίες που είναι κάπως πιο παχιές από τις υπόλοιπες. Σήμερα σώζονται 24 από τις 32 κολώνες του.
Στο πλάτωμα του υψώματος στα βορειοανατολικά του νησιού, φαίνεται ότι είχε ιδρυθεί ένας μικρός ναός που δεν σώζεται κανένα ίχνος του. Ανακαλύφθηκε κατά τις ανασκαφές, στα θεμέλια του βωμού, που υπήρχε εμπρός από τον ναό.